Shred случайными числами заполняет место, занятое файлом. И уже, даже восстановив ваш удалённый файл, его будет невозможно прочитать. По умолчанию shred не удаляет файл, для этого используется параметр –remove (-u).
shred -u /path/to/file
Удалить безвозвратно каталог можно следующей командой:
wipe -rf /path/to/catalog
Взял тут: